Po uwięzieniu Godzilli w wulkanie naukowcy rozpoczęli badania nad pochodzeniem potwora i przyczyną jego mutacji. Jeden z nich postanowił wykorzystać owe badania i połączył kod genetyczny Godzilli, z kodem kwiatu i własnej córki tworząc w ten sposób Biollante, zmutowana roślinę o gigantycznych...

W 1992 r. do Japonii przybywają wysłannicy z XXIII wieku, którzy zapowiadają, że Godzilla stanie się przyczyną katastrofy nuklearnej w wieku XXI i aby temu zapobiec należy pozbyć się potwora. Wspólnie z przybyszami garstka śmiałków cofa się w przeszłość do roku 1944, gdzie dowiadują się, iż...